A magyar csapatok könnyedén jutottak tovább, azonban három csapat is csak büntetőkkel tudta kivívni a továbbjutást. Nagy meglepetésre a Sparta Praha máris búcsúzott a nemzetközi kupáktól.
FC Asztana (kazah) – Rakow (lengyel) 0-1 (0-1) továbbjutott: Rakow 6-0-val
Gabala (azeri) – MOL Fehérvár FC 2-1 (1-1) továbbjutott: Fehérvár 5-3-mal
Kisvárda – Kajrat Almati (kazah) 1-0 (1-0) továbbjutott: Kisvárda 2-0-val
Milsami (észak-macedón) – Kuopio PS (finn) 1-4 (1-1) továbbjutott: Kuopio PS 6-3-mal
Paida (észt) – Ararat-Armenia (örmény) 0-0 (0-0) továbbjutott: Paide 0-0 büntetőkkel: 5-3
Elfsborg (svéd) – Molde (norvég) 1-2 (1-0) továbbjutott: Molde 6-2-vel
Netanya (izraeli) – Basaksehir (török) 0-1 (0-1) továbbjutott: Basaksehir 2-1-gyel
APOEL (ciprusi) – Botev Plovdiv (bolgár) 2-0 (1-0) továbbjutott: APOEL 2-0-val
CSKA Szófia – Makedonija GP (észak-macedón) 4-0 (1-0) továbbjutott: CSKA 4-0-val
Dinamo Batumi (grúz) – Lech Poznan (lengyel) 1-1 (0-0) továbbjutott: Lech 6-1-gyel
Djurgarden (svéd) – Rijeka (horvát) 2-0 (0-0) továbbjutott: Djurgarden 4-1-gyel
Levadia (észt) – Hibernians (máltai) 1-1 (0-0) továbbjutott: Hibernians 4-3-mal
Lillestrom (norvég) – SJK (finn) 5-2 (2-1) továbbjutott: Lillestrom 6-2vel
Nefti Baku (azeri) – Aris (ciprusi) 3-0 (1-0) továbbjutott: Nefti Baku 3-2-vel
Newtown (walesi) – Trnava (szlovák) 1-2 (1-0) továbbjutott: Trnava 6-2-vel
O. Ljubljana (szlovén) – Sepsi Szentgyörgy (román) 2-1 (0-0) továbbjutott: Sepsi 3-2 büntetők után: 4-2
Radnicki Nis (szerb) – Gzira (máltai) 3-4 (1-1) továbbjutott: Gzira 5-5 büntetők után: 1-3
Riga FC (lett) – Ruzomberok (szlovák) 2-1 (1-0) továbbjutott: Riga 5-1-gyel
Slavia Praha (cseh) – St. Josephs (gibraltári) 7-0 (4-0) továbbjutott: Slavia 11-0-val
Viborg (dán) – Suduva (litván) 2-0 (1-0) továbbjutott: Viborg 2-0-val
Viking (norvég) – Sparta Praha (cseh) 2-1 (1-1) továbbjutott: Viking 2-1-vel
